امروزه هزینه تولید هیدروژن سبز همچنان بالاست. در گزارشی که در سال گذشته منتشر شد (با استفاده از 2{4}}18 داده)، آژانس بین‌المللی انرژی هزینه هیدروژن سبز را 3 تا 7.5 دلار در هر کیلوگرم اعلام کرد، در حالی که هزینه تولید هیدروژن با متان بخار 0.90 تا 3.20 دلار به ازای هر کیلوگرم بود. کیلو کاهش هزینه الکترولیزها برای کاهش قیمت هیدروژن سبز بسیار مهم است، اما زمان و مقیاس نیاز دارد. آژانس بین‌المللی انرژی سال گذشته اعلام کرد که هزینه‌های دستگاه الکترولیز می‌تواند تا سال 2040 از حدود 840 دلار به ازای هر کیلووات ظرفیت کنونی به نصف کاهش یابد. مورد تجاری هیدروژن سبز به مقدار زیادی برق تجدید پذیر ارزان نیاز دارد، زیرا بخش قابل توجهی از فرآیند الکترولیز از بین می رود. به گفته شل، الکترولیزها بین 60 تا 80 درصد کارایی دارند.
بسیاری از کاربردها ممکن است برای تامین انرژی پیل‌های سوختی نیاز به هیدروژن سبز داشته باشند که منجر به تلفات بیشتر می‌شود که چالش راندمان را حتی شدیدتر می‌کند. برخی ناظران حدس می زنند که تولید هیدروژن سبز می تواند ظرفیت اضافی انرژی تجدیدپذیر را در مراکز تولید بزرگ مانند مزارع بادی فراساحلی اروپا جذب کند. با این حال، با توجه به اینکه هزینه الکترولایزرها همچنان بالاست، این سوال وجود دارد که آیا توسعه دهندگان پروژه های هیدروژن سبز مایلند الکترولایزرهای خود را تا زمانی که قیمت انرژی های تجدیدپذیر به یک سطح معین کاهش یابد، بیکار بمانند یا خیر. به احتمال زیاد، همانطور که بریتیش پترولیوم و شل در حال بررسی هستند، توسعه‌دهندگان کارخانه‌های تولید هیدروژن سبز را در مناطق غنی از منابع خواهند ساخت و آنها را با دارایی‌های اختصاصی تولید انرژی تجدیدپذیر تجهیز خواهند کرد.
