نقش سیستم کنترل الکترونیکی این است که اطمینان حاصل شود که سیستم تامین هیدروژن، سیستم تامین هوا و سیستم مدیریت آب و گرما می توانند به صورت هماهنگ و کارآمد عمل کنند، تا بتواند عملکرد مطلوب خود را اعمال کند.
این است که عمدتا از سنسورهای مختلف تشکیل شده, متر جریان, اجزای دریچه, منطق کنترل, و غیره.
